En 1983, se instrumenta el «Programa de Interrelación con la Medicina Tradicional» que en su discurso priorizó la participación de la comunidad en el cuidado de la salud y el aprovechamiento de los recursos de la medicina tradicional como parte de las estrategias de atención primaria de salud. Sin embargo, dicho programa no llego más allá de intentar generar un cambio de actitud en el personal de la institución que estaba en constante contacto con las comunidades indígenas, de intentar contabilizar los recursos de la medicina indígena tradicional que había alrededor de las Unidades Médicas Rurales, de facilitar la investigación de algunas plantas medicinales y de poner a disposición de los terapeutas indígenas los recursos de la institución (sueros, vacunas, etcétera).

En 1985, los médicos indígenas, asesores y técnicos formados en el mismo, fundan la asociación civil denominada Organización de Médicos Indígenas del Estado de Chiapas (OMIECH). Sobre esta base organizativa, a partir de 1989 el INI se aboca, a través de sus Centros Coordinadores, a la tarea de crear organizaciones similares de médicos indígenas.

Se reivindicaba para los etno-médicos el respeto que merecen del resto de la sociedad indígena, e incluso se pugnó por la protección legal (frente a la Tecno-Medicina y las Multinacionales farmacéuticas) para realizar sus actividades curativas. Actividades curativas que han venido haciendo durante milenios y que -independientemente, de la política (y moda) sanitaria estatal del momento- de todas formas tienen que llevar a cabo, muchas veces por mandato ético e inciático de orden superior.

En México, estas reivindicaciones han sido planteadas como demandas en diferentes documentos, como: en la Declaración de Oaxtepec, emitida en 1989; la Declaración de Principios del Consejo Nacional de médicos Indígenas Tradicionales, constituido en la Reunión de Tlaxiaco, Oaxaca, en 1991; y, en el Programa Nacional de la Medicina Indígena Tradicional.

En un fallido intento por parte del Estado de conformar un marco legal que valide el reconocimiento e incorporación de las Etno-medicinas en los sistemas de salud, se desarrolló la Ley de Salud emitida en 1990 en el estado de Chiapas, en cuyo Capítulo IV del Título IV, («De los auxiliares de fomento a la salud») se intenta incorporar sin más, por decreto (de arriba abajo) a los médicos indígenas en el escalafón correspondiente al sistema de salud del estado... lo que generó una respuesta social de rechazo total a dicha Norma y la no aplicación de la misma.

En 1991 se formó el Consejo Nacional de Médicos Indígenas Tradicionales A. C. (CONAMIT) que, a finales de 1997, aglutinaba aproximadamente a 52 organizaciones de todo México. En el seno del CONAMIT y de sus organizaciones socias, uno de los temas centrales inducidos por los asesores del INI, ha sido el reconocimiento por parte del Estado mexicano y la sociedad dominante, de la medicina indígena tradicional.

Éste, y otros de los objetivos más importantes del Consejo y de las organizaciones, están plasmados en el «Programa Nacional de la Medicina Indígena Tradicional» emitido en 1992. En dicho documento se afirma que «los médicos indígenas tradicionales sostienen su derecho a: conservar, practicar, desarrollar y transmitir su medicina tradicional; así como, a defender sus sistemas de creencias, conceptos y prácticas médicas; que el único reconocimiento válido de la medicina indígena tradicional es el otorgado por las comunidades donde ésta se practica; la necesidad de que en el país se reconozca la existencia del sistema real de atención a la salud, conformado por: la medicina académica, la medicina tradicional y la medicina doméstica; y por lo mismo la necesidad de realizar la programación en salud tomando en consideración la utilización y desarrollo de las tres instancias mencionadas; el derecho que tienen los pueblos indios a la protección y promoción de la medicina indígena tradicional, y sus terapeutas de organizarse como mejor convenga a sus intereses y necesidades; así como, de participar en la elaboración de políticas y programas destinados a las comunidades indígenas».

En 1992, el Programa IMSS-Solidaridad firma un convenio de colaboración con OMIECH. Luego, en 1995, el mismo Programa se encarga plenamente de la interrelación con las Etno-medicinas, al ser el vehículo que el Estado determina para canalizar parte del financiamiento para la instalación y fortalecimiento de las organizaciones de médicos tradicionales. Sin embargo la estructura operativa del Instituto, no ha permitido dar pasos más allá de canalizar fondos para favorecer la infraestructura de las organizaciones y la producción, para la comercialización, de plantas medicinales.

Como consecuencia se firma en el mismo año un convenio entre el Consejo Nacional de Médicos Indígenas (CONAMIT) e IMSS-Solidaridad, donde la institución gubernamental se compromete a respetar el Artículo cuarto Constitucional y las recomendaciones del Convenio 169 de la OIT, y reconoce a las Etno-medicinas tradicionales como un recurso importante en la atención de la salud-enfermedad.

Esta actitud de ayuda y colaboración adopta frecuentemente actitudes tecno-integracionistas que esconden finalidades tácitas de educación-absorción de las Etno-Medicinas y, por tanto, de su anulación. Así, en 1996, la Secretaría de Salud (SSA), a través de la Secretaría de Educación, Cultura y Salud (SECS) del estado de Chiapas, instala una clínica mixta –atención con médicos indígenas y médicos alopáticos- para hacer llegar las bondades de la medicina moderna a dicha comunidad (y de esta manera coadyuvar a educar y, por tanto, desarticular la medicina indígena tradicional). También se realizó un Programa de «Capacitación de» médicos indígenas en el Municipio de San Pablo Chalchihuitán, al que se invitó a médicos tradicionales de diversos municipios, y en el que se «capacitó a» los asistentes, en técnicas de primeros auxilios, entre otras cosas.